Endometrioza poate afecta fertilitatea cauzând inflamarea, cicatrizarea și deformarea organelor reproducătoare, ceea ce îngreunează procesul de fertilizare a unui ovul de către spermatozoizi și, respectiv, de implantare a unui ovul fertilizat în uter. Cu toate acestea, multe femei cu endometrioză pot concepe fără ajutorul tehnologiilor de reproducere asistată. Este important ca persoanele cu endometrioză care încearcă să conceapă să colaboreze îndeaproape cu specialistul lor în FIV pentru a-și optimiza șansele de a concepe în mod natural.